Die Organe der Gemeinde Matzendorf sind:
- die Gemeindeversammlung
- die Behörden (Gemeinderat und Kommissionen)

Die Stimmberechtigten wählen an der Urne die Mitglieder des Gemeinderates und der Rechnungsprüfungskommission (die Rechnungsprüfung ist jedoch seit Jahren an eine externe Revisionsgesellschaft vergeben). Ebenfalls an der Urne gewählt wird der Gemeindepräsident oder die Gemeindepräsidentin.
Die übrigen Kommissionsmitglieder, die Angestellten, die Beamten oder Beamtinnen werden durch den Gemeinderat gewählt.

Üblicherweise finden zwei Gemeindeversammlungen pro Jahr statt. Im Juni die "Rechnungs-Gemeindeversammlung" und im Dezember die "Budget-Gemeindeversammlung".

Seit vielen Jahren tragen die Ortsparteien FdP, CVP sowie SP und Unabhängige die politische Verantwortung in der Gemeinde. Der Gemeinderat umfasst 7 Mitglieder sowie pro Partei ein Ersatzmitglied.

Alle Behördenmitglieder finden sie unter dem Personenregister.